产品同质化严重，市场竞争激烈
　　由于水溶肥料的生产方面，国家的准入门槛很低，“一根棍子一口锅，顷刻就是一吨多”广被业内人士所诟病；大量水溶肥企业涌入市场，导致从事水溶肥生产的企业良莠不齐，除一直坚持做水溶肥料的企业外，很多农药企业也跻身肥料生产行业。市场产品同质化严重，很多企业陷入了拼指标、拼含量、拼价格、拼销售概念的困局。一方面，水溶肥企业存活困难，想要提升自身产品品质、服务举步维艰；另一方面，由于肥料供应链条太长，终端农户购买肥料价位虚高，农产品价位起伏不定，又极大地影响了农民从事农业的积极性。
　　产品与作物实际需求脱节
　　不同作物有着不同的营养喜好。对于放眼全国市场的企业来说，他们生产肥料时，着眼点仅仅在于是否满足国家标准，久存质量能否保持稳定，是否有宣传亮点，而对市场的深耕度明显不足。同一款肥料在应对不同区域、不同作物、不同施肥习惯的种植户时，明显力不从心。
　　肥料生产线差别大
　　同一企业难以生产作物所需不同类别的肥料。水溶肥料生产设备、有机肥料生产设备、生物肥料生产设备、复合肥料生产设备没有丝毫相同之处，同一家企业在生产肥料时，很难实现提供作物营养、增加土壤微生物、改良土壤等多种功能的肥料。产品链的缺失，导致企业只能以产品为导向设计作物营养施肥方案，而非以作物营养解决方案为基础设计施肥方案，从而导致研发与应用脱节。
　　产品流通链条太长，肥料效果难以保证
　　现阶段肥料的流通渠道为：成品—工厂库房—省级批发商—市级批发商—县级批发商—乡镇批发商—用户。流通环节长，从生产备货到终端用户手中，所需时间很长，过期、出现质量问题的产品比比皆是。尤其是长期存放极易变质的微量元素亚铁离子、活体微生物肥料，长期存放肥效难以保证。
　　终端农资店对肥料、作物营养知识匮乏
　　在面对企业专业的营销工作人员时，终端农资店对企业所提供的肥料品质的辨识度明显不足，导致零售店的假货层出不穷，零售店销售导向唯利是图，造成种植户损失的事件比比皆是，更加激化了种植户与农资零售店之间的矛盾。
　　常年赊销恶化了市场有序运作
　　激烈的市场竞争，导致了过渡的市场服务，赊销成了低级的主要竞争手段，还没到使用化肥的时候，卖农资的都给你送到家了，也不管你愿意不愿意，直接给你卸家里，连欠条也不用打，一律年底再收钱。
　　可赊出去的是钱，要回来的是气和风险。农户害怕买到假农资，那就先赊销，见效后再说吧。可并不是所有的农资产品都是立马见效的，所以扯皮现象也是时有发生。农户欠农资店，农资店欠公司，进一步提升了肥料产品的流通成本。
　　农户对作物养分需求并不了解，盲目用肥
　　在我国，大多数从事农业种植的种植户文化水平相对较低，在作物营养需求规律方面，知之甚少。而当前企业主办的培训会议以田间农技为主，农户在识肥、用肥方面知识欠缺。在需要大量元素氮的时候，他常常施用了钾肥。一味地追求产量的心理，导致肥料施用量偏大，肥料利用率低下，土壤条件急剧恶化，作物根部病害逐年加重，从而又进一步加剧了农药的施用量，不利于食品安全的可持续发展。
　　大量肥料包装恶化了生活环境
　　在肥料生产中，尤其是叶面肥的生产中，肥料包装成本几乎等于原料成本，而在田间地头大量废弃的肥料包装也给农村环境带来巨大隐患，企业耗时费力精心设计、农户花费高额成本购买的包装却成为环境的主要污染源之一。